Yağıbasan Medresesi'nin inşası, Anadolu Selçuklu Sultanı I. Alaeddin Keykubat dönemine (1219-1236) tarihlenir. Medrese, Selçuklu mimarisinin özelliklerini taşır ve dönemin estetik anlayışını yansıtar. Kare planlı bir avlu etrafında düzenlenmiş olan medrese, odaları ve derslikleriyle öğrencilere ve öğretmenlere ev sahipliği yapmıştır. Yağıbasan Medresesi, özellikle Selçuklu döneminin mimari zarafetini ve estetik anlayışını görmek isteyen ziyaretçiler için önemli bir tarihi eser olarak kabul edilir.
Medrese, zaman içinde birçok restorasyon geçirmiş olsa da, orijinal mimari özelliklerini büyük ölçüde korumuştur. Bu sayede ziyaretçiler, Yağıbasan Medresesi'nde geçmişe doğru bir yolculuk yaparak, tarihî ve kültürel bir atmosferde dolaşma fırsatını bulurlar. Niksar'ın tarihî zenginlikleri arasında yer alan Yağıbasan Medresesi, bölge turizmine önemli bir katkı sağlamakta ve tarih meraklıları için cazip bir keşif noktası olmaktadır.