Rivayete göre Bizans İmparatoru I.Theodosius zamanında (375-395) Atina’dan gelen Barnabas ve Sophranios isimli iki rahip tarafından kurulmuş olan manastır, 6'ıncı yüzyılda İmparator Justinianus’un manastırın onarılarak genişletilmesini istemesi üzerine Generallerinden Belisarios tarafından tamir edilmiştir.
Sümela Manastırı’nın şimdiki durumuyla varlığını 13'üncü yüzyıldan itibaren sürdürdüğü bilinmektedir. 1204 tarihinde kurulan Trabzon Komnenosları Prensliği’nden III. Alexios (1349-1390) zamanında manastırın önemi artmış ve fermanlarla gelir sağlanmıştır. III. Alexios’un oğlu III. Manuel ve sonraki prensler döneminde de Sümela yeni fermanlarla zenginleştirilmiştir.
