Çapanoğlu Camii'nin mimari yapısı, Osmanlı döneminin klasik özelliklerini bünyesinde barındırır. Kare planlı ana ibadet alanına sahip olan cami, etkileyici bir kubbe ile öne çıkar. Caminin minaresi ise oldukça zarif bir yapıya sahiptir. İç mekanında Osmanlı süsleme sanatının güzel örneklerini görmek mümkündür. Caminin içi, ahşap işçiliği, tezhip işlemeleri ve fayans süslemeleriyle bezenmiş olup ziyaretçilere estetik bir atmosfer sunar.
Çapanoğlu Camii, Yozgat'ın tarihî mirasına önemli bir katkıda bulunmanın yanı sıra, bölge halkı için de dini ibadetlerini gerçekleştirdikleri önemli bir mekan olma özelliğini taşır. Yozgat'ın kültürel zenginliklerinden biri olan bu tarihi cami, ziyaretçilere Osmanlı dönemi mimarisini yakından tanıma fırsatı sunar.
