Prizren’de muhteşem Osmanlı eserlerinden biridir.1798 yılında, zamanın Prizren valisi Rüstem Paşa, bütün camilerde beş vakit ezanın aynı anda okunması için, gündüzleri caminin âlemine bayrak çekilmesini geceleri ise fener yakılmasını emreder. Gündüz ezan vakitlerinde çekilen bayraktan dolayı adı Bayraklı Camii olarak anılır. Yapılışından bugüne kadar iftar vakitlerinde ilk kandiller bu camide yakıldığından Priznen halkı hala Bayraklı Camii’nin minaresinin kandillerine bakarak iftar etmektedirler.
Bu Camiinin hoş bir yapılış hikâyesi vardır. Camiinin banisi Gazi Mehmed Paşa, helal parayla bir cami yaptırmayı arzu eder. Bu camiyi Prizren’de yapmaya karar verir. Cami inşaatında kullanacağı paraların helal olduğunu test etmek ister.
Bir gün bütün altınlarını alıp Bitriça deresinin kenarına gelir ve altınların tamamını dereye ‘helal olanlar su dibinde kalsın, haram olanları su götürsün’ diyerek atar. Bir süre bekledikten sonra su dibinde kalan altın paraların helal olduğuna kanaat getiren paşa, dereden altınları toplar. Gönül rahatlığı içinde büyük bir şevkle caminin temelini atıp yapımına başlar.
Cami inşaatında çok sayıda işçi istihdam eden Gazi Mehmed Paşa, bir an önce inşaatın bitmesini ve caminin ibadete açılmasını ister. Bu gaye ile her gün inşaata gelir ve çalışmaları takip eder.
Bir gün, bir hadise üzerine, önce hamam yapılması icap ettiğini düşünen Gazi Mehmed Paşa, cami inşaatının durdurulmasını emreder. Böylelikle Prizren’de önce hamam, daha sonra cami inşa edilir. Hamamın inşaatından sonra, işçiler, planlanan süre içinde cami inşaatını da tamamlarlar.
1574 senesinde cami ibadete açılır.
Caminin açılış merasiminde Mehmed Paşa’nın emri üzerine, giriş kapısına büyük bir kilit takılır. Açılış gününde paşa, cemaatle birlikte kapıya yaklaşınca:
‘ey kilit bu cami helal parayla yapılmışsa kendiliğinden açıl, haram karışmışsa açılma’ der. Biraz sonra kilit kendiliğinden açılır. Böylece cami inşaatında haram para karışmadığı bir daha tespit edilir. Bu kilit hadisesi hamamın açılışında da aynen tekrarlanır.
Bir süre sonra Gazi Mehmed Paşa Camii’nin, minaresi ve kubbesi, yıldırım düşmesi neticesi hasar görür ve uzun bir süre tamir edilemez. Caminin devamlı cemaatinden bir zat, üç gece arka arkaya rüya görür. Rüyasında nurani bir zat caminin tamir edilmesi gerektiğini ve bu tamir için yetecek paranın da cami avlusunda gömülü olduğunu ve gömülü altınların yerini de bildirir. Bu zat da rüyasını cami imamına anlatır, beraber giderler, gösterilen yeri kazarlar, altınları çıkarırlar ve yıllar sonra camiyi helal para ile tamir ettirirler.
